Thay vì chỉ có duy nhất một màu như thế hệ trước, S Pen năm nay có nhiều màu sắc tương ứng với các màu mới của Galaxy Note 9. Samsung cũng đưa vào tính năng mới giúp S Pen viết chữ có màu giống màu bút khi ghi chú nhanh từ màn hình khóa. Bút màu vàng viết ra chữ màu vàng, tương tự như màu tím, màu đồng. Duy nhất phiên bản S Pen màu đen ghi chữ màu trắng. Nếu không muốn thay đổi này, người dùng có thể cài đặt lại ở phần Setting Screen off memo Use S Pen signature color Off.
Là điểm nâng cấp sáng giá trên thế hệ Galaxy Note năm nay, S Pen vẫn sở hữu những tính năng hữu ích như ghi chú nhanh từ màn hình khóa, tạo ảnh GIF, chụp màn hình dài hay hỗ trợ dịch văn bản. Ngoài ra, thế hệ S Pen mới còn hỗ trợ kết nối Bluetooth với pin tích hợp. Công nghệ Bluetooth tiết kiệm năng lượng BLE (Bluetooth Low-Energy) lần đầu được đưa vào S Pen, cho phép bút thực hiện được nhiều tính năng hơn. Chỉ cần một thao tác nhấn giữ nút bấm trên bút, người dùng có thể dễ dàng chụp ảnh selfie, chụp ảnh nhóm, trình chiếu bài thuyết trình, ngừng hay phát video, trình chiếu slideshow...
Các tính năng thú vị này nằm trong phần S Pen Remote. Theo đó, người dùng có thể giữ nút trên S Pen để kích hoạt ứng dụng trên máy từ xa. Thao tác ấn giữ để kích hoạt nhanh ứng dụng hay sử dụng...